大明嘉靖王朝，倭寇猖獗，严嵩父子把持朝政，不事抗倭。将领戚继光虽有报国之志，但面对困难的局面有些力不从心。
在倭寇的杀戮中，少年月空失去了母亲，大脚僧搭救了月空，把他带到了少林寺。
15年后，月空随方丈出席祭海大典，路遇日本女孩一本秀子和剑客风语，活泼的日本女孩秀子爱上了月空。在少林寺，秀子谎称是月空的妻子，引起轩然大波。
月文和月空奉命下山，奔赴前线，为戚继光训练士兵。月文与月空武功虽然高强，但是出家人慈悲为怀，缺乏军人气质，与强调军法的戚继光发生了不少矛盾。少林弟子进入红尘之中，是非也悄然而至。一个被倭寇折磨得家破人亡的苦命女子李若兰邂逅了月文，而因为秀子，月空和风语的纠葛越来越深。
少林僧兵剧照
倭寇突然发动进攻，戚继光带着尚未训练完毕的老弱病残与倭寇进行了殊死搏斗，这时候，月文发现了一个秘密，他的亲生父亲居然是通倭的大海盗汪直。
汪直离间月文与僧兵，他利用月文，除去了月文的师父大脚僧。月文悲痛欲绝，汪直满眼含泪告诉月文，其实自己也是受害者，他不是倭寇，也不是海盗，他只是商人，他一直想走正路，他想做一个好人，但是严嵩父子却没有给他做好人的机会，这一切他都没有错，错的是这个世界。
大脚僧之死，让月空充满仇恨，月文已经败坏了少林寺和少林僧兵的荣誉，他一定要除去月文。
李若兰被汪直绑架，她的父亲掌握着一个秘密。汪直要通过李若兰要挟她的父亲。月文赶到汪直的大本营，汪直强迫月文与李若兰成婚，新婚之夜，李若兰将刀刺向了月文。
当刀刺中月文之后，李若兰才发现月文是来卧底的，月文想利用自己与汪直的关系帮戚继光刺探消息。月文带着倭寇的情报与李若兰悄悄离开倭寇大营，这时候汪直出现了，月文送走了李若兰，自己的双脚却被父亲砍断。
月空知道自己误会了月文，他舍命救回了月文。
在月文、月空的帮助下，戚继光创立了鸳鸯阵法，抗倭形势也开始转守为攻。此时倭寇却从葡萄牙人手里买来了新式的火枪，形势再次发生变化。
面对新式火器，僧兵们毫不犹豫，勇敢地走上第一线。战场上，风语和月空进行了震古铄金的决战，……最后月空的棍法胜一筹。
汪直在陀门岛一战后逃离，被胡忠宪诱捕后死在狱中。俞大猷和戚继光因抗倭有功，成为一代名将。多年以后，戚继光来到少林寺，在埋放着少林僧兵骨灰的塔林里，想起月空和那三十棍僧，他不禁潸然泪下。
